clustalw を用いてアライメントを実行 - 版の履歴

MSY-07: SyntaxHighlightにcopyの追加

2025-06-29T15:29:42Z

SyntaxHighlightにcopyの追加

← 古い版		2025年6月30日 (月) 00:29時点における版
20行目:		20行目:

	== ソースコード ==		== ソースコード ==
	<syntaxhighlight lang="javascript">		<syntaxhighlight lang="javascript" copy>
	// -----------------------------------------------------------------------------		// -----------------------------------------------------------------------------
	// clustalwを用いてアライメントを実行		// clustalwを用いてアライメントを実行

MSY-07: セクションの追加、改行の修正

2023-05-17T06:01:22Z

セクションの追加、改行の修正

@@ 1行目: / 1行目: @@
-開いているファイル内の配列データを、clustalWを使ってアライメントにかけます。<br>
+== 概要 ==
-でも、普通にclustalXを使えばいいと思います。<br>
+開いているファイル内の配列データを、clustalWを使ってアライメントにかけます。
-なお、コマンドラインパラメーターについての日本語の説明は[http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/clustalw_help.html DDBJのここ]。<br>
+でも、普通にclustalXを使えばいいと思います。
 <syntaxhighlight lang="javascript">
 // -----------------------------------------------------------------------------
@@ 52行目: / 62行目: @@
 o.Run("\""+Editor.FullName+"\" "+"\""+outputFile+"\"");
 })();
 </syntaxhighlight>

MSY-07: タグをタグに置き換える

2023-05-16T14:17:56Z

<source>タグを<syntaxhighlight>タグに置き換える

← 古い版		2023年5月16日 (火) 23:17時点における版
10行目:		10行目:
	なお、コマンドラインパラメーターについての日本語の説明は[http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/clustalw_help.html DDBJのここ]。<br>		なお、コマンドラインパラメーターについての日本語の説明は[http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/clustalw_help.html DDBJのここ]。<br>

	<~~source~~ lang="javascript">		<syntaxhighlight lang="javascript">
	// -----------------------------------------------------------------------------		// -----------------------------------------------------------------------------
	// clustalwを用いてアライメントを実行		// clustalwを用いてアライメントを実行
53行目:		53行目:
	})();		})();

	</~~source~~>		</syntaxhighlight>

2012年6月22日 (金) 08:41にAdminによる

2012-06-22T08:41:28Z

← 古い版		2012年6月22日 (金) 17:41時点における版
1行目:		1行目:
	~~;説明~~
	開いているファイル内の配列データを、clustalWを使ってアライメントにかけます。<br>		開いているファイル内の配列データを、clustalWを使ってアライメントにかけます。<br>
	でも、普通にclustalXを使えばいいと思います。<br>		でも、普通にclustalXを使えばいいと思います。<br>
11行目:		10行目:
	なお、コマンドラインパラメーターについての日本語の説明は[http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/clustalw_help.html DDBJのここ]。<br>		なお、コマンドラインパラメーターについての日本語の説明は[http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/clustalw_help.html DDBJのここ]。<br>

	~~;ソース~~
	<source lang="javascript">		<source lang="javascript">
	// -----------------------------------------------------------------------------		// -----------------------------------------------------------------------------

Admin: ページの作成：「;説明開いているファイル内の配列データを、clustalWを使ってアライメントにかけます。
でも、普通にclustalXを使えばいい...」

2012-06-22T08:39:26Z

ページの作成：「;説明開いているファイル内の配列データを、clustalWを使ってアライメントにかけます。 でも、普通にclustalXを使えばいい...」

新規ページ

;説明
開いているファイル内の配列データを、clustalWを使ってアライメントにかけます。 
でも、普通にclustalXを使えばいいと思います。 
さくっと、アライメントを確認したいときに使ってください。 
[[ファイル名を引数にしてアプリ起動]]の応用例です。 
'''要cllustalW''' 
[http://www.clustal.org/ http://www.clustal.org/] 
'''使用前に"CLUSTALW_PATH"を必ず設定して下さい。''' 
ダウンロードしたclustalwを解凍して出てきたフォルダの中に"tmp"という名前のフォルダを作ってください。 

なお、コマンドラインパラメーターについての日本語の説明は[http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/clustalw_help.html DDBJのここ]。 

;ソース
<source lang="javascript">
// -----------------------------------------------------------------------------
// clustalwを用いてアライメントを実行
// 原作 : ファイル名を引数にしてアプリ起動改 Ver1.0
//
// suke
//
// 要cllustalW
// http://www.clustal.org/
// -----------------------------------------------------------------------------

(function(){
var fso = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");
var o = new ActiveXObject("WScript.Shell");

//clustalw2.exeへの絶対パスを指定(\マークはエスケープする必要があります)
var CLUSTALW_PATH = "ここにclustalw2.exeへのパスを記述";
var TMP_DIR = CLUSTALW_PATH.replace(/([^\\]*?)$/,"") + "tmp\\";

//clustalWのパスが正しいか確かめる
if (fso.FileExists(CLUSTALW_PATH)){
//TMP_DIRにフォルダがあるか確かめ、なければ作る
if (!(fso.FolderExists(TMP_DIR))){
alert("\"" + TMP_DIR + "\"\nが無いようなので作っときますね");
fso.CreateFolder(TMP_DIR);
}
}else{
alert("clustalw2.exeへのパスが間違ってます。");
return ;
}

//現在のファイル名を取得
//取得できなければ、勝手に作って、書き込む
var inputFile = document.FullName || (TMP_DIR + new Date().getTime() + ".txt");
document.Save(inputFile);
//コマンドラインで渡す文字列を指定。
var cmdline = "/INFILE=\""+inputFile+"\" /ALIGN";
//clustalwはデフォルトで、"ファイル名.aln"を作るので…
var outputFile = inputFile.replace(/([^\.]*?)$/,"aln");
o.Run("\""+CLUSTALW_PATH+"\" "+cmdline);
o.Run("\""+Editor.FullName+"\" "+"\""+outputFile+"\"");
})();

</source>

clustalw を用いてアライメントを実行 - 版の履歴

MSY-07: SyntaxHighlightにcopyの追加

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MSY-07: タグをタグに置き換える

2012年6月22日 (金) 08:41にAdminによる

Admin: ページの作成：「;説明 開いているファイル内の配列データを、clustalWを使ってアライメントにかけます。 でも、普通にclustalXを使えばいい...」

Admin: ページの作成：「;説明開いているファイル内の配列データを、clustalWを使ってアライメントにかけます。
でも、普通にclustalXを使えばいい...」