MeryWiki - 利用者の投稿記録 [ja]

clustal-omegaを用いてアライメントを実行

2021-09-26T06:53:04Z

59.166.252.132:

開いているファイル内の配列データを、clustal-omegaを使ってアライメントにかけます。 
clustal-omegaのサイトには、
'''"The last alignment program you'll ever need"'''
とのことなので、いまなりにはclustal-omegaがいいようです。 
さくっと、アライメントを確認したいときに使ってください。 
[[ファイル名を引数にしてアプリ起動]]の応用例です。 
'''要cllustal-omega''' 
[http://www.clustal.org/omega/ http://www.clustal.org/omega/] 
'''使用前に"CLUSTALO_DIR"を必ず設定して下さい。''' 
ダウンロードしたclustal-omegaを解凍して出てきたフォルダの中に"tmp"という名前のフォルダを作ってください。 
<syntaxhighlight lang="javascript">
#title="clustal-omegaを用いてアライメントを実行"
#tooltip="clustal-omegaを用いてアライメントを実行します。*.alnファイルを作成しそれを開きます"
// -----------------------------------------------------------------------------
// clustal-omegaを用いてアライメントを実行
//
// suke
//
// 要clustal-omega
// http://www.clustal.org/omega/
// info : https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
// -----------------------------------------------------------------------------
(function(){
const fso = new ActiveXObject('Scripting.FileSystemObject');
const sh = new ActiveXObject('WScript.Shell');

const MERY_DIR = fso.GetParentFolderName(window.Editor.FullName);
// clustal-omegaを導入したフォルダへ移動する
const CLUSTALO_DIR = fso.BuildPath('ここにClustal-omegaのフォルダのパスを指定してください');
// カレントディレクトリを移動する
sh.CurrentDirectory = CLUSTALO_DIR;
// 実行ファイル
const CLUSTALO = 'clustalo.exe';
// ファイルが保存されていない場合の保存先
const TMP_DIR = fso.BuildPath(CLUSTALO_DIR,'tmp');
//clustaloのパスが正しいか確かめる
if ( !(fso.FileExists(CLUSTALO)) ){
alert('clustalo.exeへのパスが間違ってます。');
return ;
}
if ( !(sh.Exec(CLUSTALO + ' -h').StdOut.ReadAll().split('\n')[0].match(/^Clustal Omega.*/))){
alert('clustalo.exeではなさそうです。');
return ;
}
//TMP_DIRにフォルダがあるか確かめ、なければ作る
if (!(fso.FolderExists(TMP_DIR))){
alert(TMP_DIR + '\nが無いようなので作っときますね');
fso.CreateFolder(TMP_DIR);
}
// 実行確認
const isExec = Confirm('ファイルを保存してアライメントを実行しますか?');
if(!isExec){return};

// 現在のファイル名を取得
// 取得できなければ、勝手に作って、書き込む
const inputFile = document.FullName ||
fso.BuildPath(TMP_DIR, (new Date().getTime() + '.txt'));
document.Save(inputFile);
const alignmentFile = fso.BuildPath(
fso.GetParentFolderName(inputFile), fso.GetBaseName(inputFile) + '.aln');

// コマンドラインで渡す文字列を指定
// see clustalo.exe -h
let cmdline = CLUSTALO;
cmdline = cmdline + ' -i "' + inputFile + '"'; // Multiple sequence input file
cmdline = cmdline + ' -o "' + alignmentFile +'"'; // Multiple sequence alignment output file
cmdline = cmdline + ' --outfmt=clustal'; // MSA output file format(clustal)
cmdline = cmdline + ' --force'; // Force file overwriting
cmdline = cmdline + ' -v'; // Verbose output
// 実行
const execResult = sh.Exec(cmdline);
while (execResult.Status !== 0){sh.Sleep(100)}
// 出力メッセージを表示
const err_msg = execResult.StdErr.ReadAll();
const std_msg = execResult.StdOut.ReadAll();
if (err_msg !== ''){
alert('エラーが発生しました\n' + err_msg);
return;
}
if (std_msg !== ''){
alert('【実行結果】\n' + std_msg);
}

// アライメントの結果ファイルを開く
editor.OpenFile(alignmentFile, meEncodingNone, meOpenAllowNewWindow);

})();
</syntaxhighlight>

clustal-omegaを用いてアライメントを実行

2021-09-26T06:45:21Z

59.166.252.132:

開いているファイル内の配列データを、clustal-omegaを使ってアライメントにかけます。 
clustal-omegaのサイトには、
'''"The last alignment program you'll ever need"'''
とのことなので、いまなりにはclustal-omegaがいいようです。 
さくっと、アライメントを確認したいときに使ってください。 
[[ファイル名を引数にしてアプリ起動]]の応用例です。 
'''要cllustal-omega''' 
[http://www.clustal.org/omega/ http://www.clustal.org/omega/] 
'''使用前に"CLUSTALO_DIR"を必ず設定して下さい。''' 
ダウンロードしたclustal-omegaを解凍して出てきたフォルダの中に"tmp"という名前のフォルダを作ってください。 

<source lang="javascript">
#title="clustal-omegaを用いてアライメントを実行"
#tooltip="clustal-omegaを用いてアライメントを実行します。*.alnファイルを作成しそれを開きます"
// -----------------------------------------------------------------------------
// clustal-omegaを用いてアライメントを実行
//
// suke
//
// 要clustal-omega
// http://www.clustal.org/omega/
// info : https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
// -----------------------------------------------------------------------------
(function(){
const fso = new ActiveXObject('Scripting.FileSystemObject');
const sh = new ActiveXObject('WScript.Shell');

const MERY_DIR = fso.GetParentFolderName(window.Editor.FullName);
// clustal-omegaを導入したフォルダへ移動する
const CLUSTALO_DIR = fso.BuildPath('ここにClustal-omegaのフォルダのパスを指定してください');
// カレントディレクトリを移動する
sh.CurrentDirectory = CLUSTALO_DIR;
// 実行ファイル
const CLUSTALO = 'clustalo.exe';
// ファイルが保存されていない場合の保存先
const TMP_DIR = fso.BuildPath(CLUSTALO_DIR,'tmp');
//clustaloのパスが正しいか確かめる
if ( !(fso.FileExists(CLUSTALO)) ){
alert('clustalo.exeへのパスが間違ってます。');
return ;
}
if ( !(sh.Exec(CLUSTALO + ' -h').StdOut.ReadAll().split('\n')[0].match(/^Clustal Omega.*/))){
alert('clustalo.exeではなさそうです。');
return ;
}
//TMP_DIRにフォルダがあるか確かめ、なければ作る
if (!(fso.FolderExists(TMP_DIR))){
alert(TMP_DIR + '\nが無いようなので作っときますね');
fso.CreateFolder(TMP_DIR);
}
// 実行確認
const isExec = Confirm('ファイルを保存してアライメントを実行しますか?');
if(!isExec){return};

// 現在のファイル名を取得
// 取得できなければ、勝手に作って、書き込む
const inputFile = document.FullName ||
fso.BuildPath(TMP_DIR, (new Date().getTime() + '.txt'));
document.Save(inputFile);
const alignmentFile = fso.BuildPath(
fso.GetParentFolderName(inputFile), fso.GetBaseName(inputFile) + '.aln');

// コマンドラインで渡す文字列を指定
// see clustalo.exe -h
let cmdline = CLUSTALO;
cmdline = cmdline + ' -i "' + inputFile + '"'; // Multiple sequence input file
cmdline = cmdline + ' -o "' + alignmentFile +'"'; // Multiple sequence alignment output file
cmdline = cmdline + ' --outfmt=clustal'; // MSA output file format(clustal)
cmdline = cmdline + ' --force'; // Force file overwriting
cmdline = cmdline + ' -v'; // Verbose output
// 実行
const execResult = sh.Exec(cmdline);
while (execResult.Status !== 0){sh.Sleep(100)}
// 出力メッセージを表示
const err_msg = execResult.StdErr.ReadAll();
const std_msg = execResult.StdOut.ReadAll();
if (err_msg !== ''){
alert('エラーが発生しました\n' + err_msg);
return;
}
if (std_msg !== ''){
alert('【実行結果】\n' + std_msg);
}

// アライメントの結果ファイルを開く
editor.OpenFile(alignmentFile, meEncodingNone, meOpenAllowNewWindow);

})();

</source>

clustal-omegaを用いてアライメントを実行

2021-09-26T05:16:19Z

59.166.252.132: ページの作成:「開いているファイル内の配列データを、clustal-omegaを使ってアライメントにかけます。 clustal-omegaのサイトには、 ```"The last al…」

開いているファイル内の配列データを、clustal-omegaを使ってアライメントにかけます。 
clustal-omegaのサイトには、
```"The last alignment program you'll ever need" ```
とのことなので、いまなりにはclustal-omegaがいいようです。 
さくっと、アライメントを確認したいときに使ってください。 
[[ファイル名を引数にしてアプリ起動]]の応用例です。 
'''要cllustal-omega''' 
[http://www.clustal.org/ http://www.clustal.org/] 
'''使用前に"CLUSTALO_DIR"を必ず設定して下さい。''' 
ダウンロードしたclustal-omegaを解凍して出てきたフォルダの中に"tmp"という名前のフォルダを作ってください。 

<source lang="javascript">
#title="clustal-omegaを用いてアライメントを実行"
#tooltip="clustal-omegaを用いてアライメントを実行します。*.alnファイルを作成しそれを開きます"
// -----------------------------------------------------------------------------
// clustal-omegaを用いてアライメントを実行
//
// suke
//
// 要clustal-omega
// http://www.clustal.org/omega/
// info : https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
// -----------------------------------------------------------------------------
(function(){
const fso = new ActiveXObject('Scripting.FileSystemObject');
const sh = new ActiveXObject('WScript.Shell');

const MERY_DIR = fso.GetParentFolderName(window.Editor.FullName);
// clustal-omegaを導入したフォルダへ移動する
const CLUSTALO_DIR = fso.BuildPath('ここにClustal-omegaのフォルダのパスを指定してください');
// カレントディレクトリを移動する
sh.CurrentDirectory = CLUSTALO_DIR;
// 実行ファイル
const CLUSTALO = 'clustalo.exe';
// ファイルが保存されていない場合の保存先
const TMP_DIR = fso.BuildPath(CLUSTALO_DIR,'tmp');
//clustaloのパスが正しいか確かめる
if ( !(fso.FileExists(CLUSTALO)) ){
alert('clustalo.exeへのパスが間違ってます。');
return ;
}
if ( !(sh.Exec(CLUSTALO + ' -h').StdOut.ReadAll().split('\n')[0].match(/^Clustal Omega.*/))){
alert('clustalo.exeではなさそうです。');
return ;
}
//TMP_DIRにフォルダがあるか確かめ、なければ作る
if (!(fso.FolderExists(TMP_DIR))){
alert(TMP_DIR + '\nが無いようなので作っときますね');
fso.CreateFolder(TMP_DIR);
}
// 実行確認
const isExec = Confirm('ファイルを保存してアライメントを実行しますか?');
if(!isExec){return};

// 現在のファイル名を取得
// 取得できなければ、勝手に作って、書き込む
const inputFile = document.FullName ||
fso.BuildPath(TMP_DIR, (new Date().getTime() + '.txt'));
document.Save(inputFile);
const alignmentFile = fso.BuildPath(
fso.GetParentFolderName(inputFile), fso.GetBaseName(inputFile) + '.aln');

// コマンドラインで渡す文字列を指定
// see clustalo.exe -h
let cmdline = CLUSTALO;
cmdline = cmdline + ' -i "' + inputFile + '"'; // Multiple sequence input file
cmdline = cmdline + ' -o "' + alignmentFile +'"'; // Multiple sequence alignment output file
cmdline = cmdline + ' --outfmt=clustal'; // MSA output file format(clustal)
cmdline = cmdline + ' --force'; // Force file overwriting
cmdline = cmdline + ' -v'; // Verbose output
// 実行
const execResult = sh.Exec(cmdline);
while (execResult.Status !== 0){sh.Sleep(100)}
// 出力メッセージを表示
const err_msg = execResult.StdErr.ReadAll();
const std_msg = execResult.StdOut.ReadAll();
if (err_msg !== ''){
alert('エラーが発生しました\n' + err_msg);
return;
}
if (std_msg !== ''){
alert('【実行結果】\n' + std_msg);
}

// アライメントの結果ファイルを開く
editor.OpenFile(alignmentFile, meEncodingNone, meOpenAllowNewWindow);

})();

</source>

マクロライブラリ

2021-09-26T05:11:30Z

59.166.252.132: /* 変換・ソート・整形 */

Mery で使用できるマクロを集めたライブラリです。

スクリプトを拡張子 "js" (JavaScript、JScript の場合) にして Macros フォルダーなどに保存し、[マクロ] メニューの [選択] や [カスタマイズ] から読み込んで使用してください。

マクロライブラリはどなたでも自由に編集できますので、みなさんが作成した便利なマクロをどんどん掲載してください。

== テキスト操作補助 ==

*[https://github.com/haijinboys/mery-macro-emmet Emmet] (Kuro)
*[[Zen Coding]] (Kuro)
*[[対応する括弧に移動]] (Kuro, kurama, masme) update 2019/04/12
*[[行頭に移動]] (Kuro, 他) update 2020/05/22
*[[VSCode風、行頭/行末に移動]] (yuko)
*[[バイト数]] (Kuro, ks)
*[[日付と時刻を挿入]] (n, masme) update 2016/02/28
*[[日付と時刻を挿入（カレンダー版）]] (papagoat) update 2016/05/24
*[[選択範囲を上下に移動]] (ks)
*[[TeraPadのCtrl↑と同じような動作をするマクロ]] (suke)
*[[TeraPadのCtrl↓と同じような動作をするマクロ]] (suke)
*[[Vz 風テキストスタック 2 ストロークキー]] (papagoat) update 2013/11/22
*[[非選択状態でも逆インデント]] (papagoat)
*[[ラクラク罫線]] (手石) Update 2012/12/22
*[[ファイル:XHTML.zip]] (アラフォー親父) HTMLタグを、ショートカット・キーに登録して入力するマクロ（文章挟み込み仕様）
*[[矩形ペースト]] (手石)
*[[自動箇条書き]] (手石) update 2013/03/15
*[[インデントを考慮した折り返し（改行挿入）]] (手石) update 2013/02/23
*[[青空文庫用整形補助]] (ks, 有志)
*[[部分編集]] (ks)
*[[文字カウント]] (masme) 2014/02/01, update 2020/05/17
*[[字下げ・字上げ]](インデント・逆インデント) (masme) 2014/02/09; update 2019/06/01
*[[数値を増減]](インクリメント・デクリメント) (masme) 2014/06/17, update 2020/05/17
*[[少し便利な Undo/Redo]] (ks)
*[[自動ルビ振り]] (急急如律令)
*[[貼付け実行後のカーソル位置を貼付け文字列の先頭にする]] (yuko) 2017/06/04
*[[ドイツ語特殊文字]] (鯉)
*[[矩形選択範囲の各行先頭に文字挿入]] (yuko)
*[[文章で使用されている文字をユニーク抽出]] (Kuro)
*[[アウトライン用ノード追加]] (mik) 2018/06/25
*[[アウトラインのノードレベルを上げる]] (mik) 2018/06/25
*[[アウトラインのノードレベルを下げる]] (mik) 2018/06/25
*[[アウトラインのノードの完了/未完了を切り替える]] (mik) 2018/10/18 update
*[[ハルナアウトライン用の完了/未完了フラグをノード名に反映する]] (mik) 2018/10/18 update
*[[Markdown文書で改行時にリスト、引用ブロック開始記号を自動入力する]] (catfist, yuko) 2020/09/04 update
*[[Markdown 向け、リスト記号 (*) のトグル]] (yuko) 2019/04/29
*[[Markdown 向け、タスクリスト (* ［］) のチェック状態をトグル]] (yuko) 2020/09/04
*[[何年生で習う漢字？]] (シリル) 2019/03/10
*[[上に行挿入]] (yuko) 2019/05/11
*[[選択範囲を広げる]] (yuko) 2020/03/22
*[[新規行番号入力]] (Takuma 他) 2020/06/17 - 2020/06/26

== ファイル操作補助 ==

*[[文字列中のパス起動]] (ks)
*[[自動バックアップ]] (ks)
*[[終了時状態保持・復元]] (ks)
*[[上書き保存(UAC対応)]] (ks)
*[[含んでいるフォルダを開く]] (ks)
*[[パスを取得]] (Kuro)
*[[フォルダ内のファイルをすべて開く]] (Kuro)
*[[ファイルを比較]] (Kuro)
*[[ファイル名を引数にしてアプリ起動]] (Kuro, miso)
*[[ブックマーク一覧ジャンプ]] ※ポップアップメニュー (goat) update 2019/04/16
*[[拡張子の違うファイルを開く]] (n)
*[[フォルダを開く]] (n)
*[[コマンドプロンプトを開く]] (n)
*[[SDIウィンドウの記憶と復帰]] (papagoat) Update 2012/10/23 (説明文変更 2013/11/22)
*[[よく使うフォルダ]] (手石) Update 2014/02/22
*[[ファイル（選択範囲）の仮保存]] (手石)
*[[ポップアップメニューでファイル選択]] (手石)
*[[フォルダツリーをポップアップ表示]] (n)
*[[タグジャンプ]] (o)
*[[ウィンドウの位置とサイズを拡張子で指定]] (papagoat) Update 2014/04/17
*[[編集モードの自動選択]] (Bleat) 2019/02/15
*[[書き換え禁止モード色反転]] (Bleat) Update 2021/04/17
*[[文書が変更されていなければ変更マークを消す]] (Noah)
*[[変更なしのタブをすべて閉じる]] (Noah)

== 変換・ソート・整形 ==

*[[SHA でハッシュ化]] (Kuro)
*[[標準変換]] (Kuro)
*[[ブックマーク系コマンド集]] (ks)
*[[テキスト変換]] (ks)
**[[テキスト整形]] (masme) 2013/09/15, update 2019/12/21
*[[旧漢字から新漢字に変換]] (furu)
*[[clustalw を用いてアライメントを実行]] (suke)
*[[clustal-omegaを用いてアライメントを実行]] (suke)
*[[連番の挿入]] (手石)
*[[TSV(CSV) ⇒ 固定長]] (手石) update 2013/04/16
*[[行並べ替え]] (masme) 2013/08/25, update 2020/05/20
*[[連番を挿入]] (masme) 2013/08/25, update 2020/05/17
*[[GFMをHTMLに変換]] (noonworks) 2014/03/09
*[[基数変換10_16]] (シリル) 2019/02/10
*[[スネークケース ⇔ キャメルケースの変換]] (Noah)

== 検索・置換 ==

*[[文書から検索]] (Kuro)
*[[単語を抽出]] (Kuro)
*[[タグの外側（内側）だけ置換]] (手石)
*[[ポップアップメニューで検索先にジャンプ]] (手石) 2014/04/19
*[[検索(SJIS以外)]] + 検索強調を解除 (masme) 2014/09/16, update 2019/06/01
*[https://github.com/TakamiChie/mery-scripts/blob/master/SearchWithMode.js 現在開いているファイルの言語名をつけてWeb検索] (高見知英)→[[https://vine.co/v/eeY59rFMail 実際の動作例]]
*[https://github.com/GunseiPaseri/Mery_macro 文字出現量ランキング] (群生系パセリ) 2015/12/28
*[[検索ヒット数表示]] (ks)
*[[任意の検索エンジンで検索]] (Noah)
*[[任意の検索エンジンで検索ー改良版]] (Takeshi) 2019/07/12
*[[デフォルトの検索フラグを設定して検索ウィンドウ表示]] (yuko)
*[[複数置換]] (Noah)
*[[類義語アウトプット【Python】]] (シリル) 2019/03/24
*[[校正支援アウトプット]] (シリル) 2019/05/01

== プログラミング補助 ==

*[[Eclipse風コメントアウト]] (ks)
*[[Eclipse風コメントアウト(改)]] (pizz) 2020/03/15
*[[コメントマーク付け外し]] (手石, masme) last update 2019/06/01
*[[スマートインデント(C 構文)]] (ks)
*[[ctags.exeでtagsファイルを生成、タグジャンプを行うマクロ]] (kazy)
*[[タグファイルから補完]] (n)
*[[コードスニペットもどき]] (手石) Update 2012/12/20
*[[TeX文書のコンパイル]] (手石, isari) update 2020/10/16
*[[TeX数式のチェック]] (手石)
*[[簡易数式計算]] (ks)
*[[定義へ移動]] (ks)
*[[タブの桁数]] (手石)
*[[行末の空白を削除]] (n) 2014/12/19
*[https://github.com/TakamiChie/mery-scripts/tree/master/ 開いているスクリプトファイルを実行(掲載時点ではバッチファイル・Javascript・Lua・PHP・Perl・Python・Ruby・UWSCに対応。順次追加予定)] (高見知英)
*[https://github.com/TakamiChie/mery-scripts/tree/master/ 開いているスクリプトファイルを構文チェック(掲載時点ではPHP・Perlに対応。順次追加予定)] (高見知英)
*[[説明を出力]] (s) Create 2015/08/16
*[[拡張子からコンソール実行]] (YOS G-spec) 2020/12/12更新
*[[JSON整形]](Ovis) Create 2019/03/25
*[[ScriptRun]]（Scriptコードの実行）（fuka）2020/08/02

== おもしろ ==
*[[メール送信]] (ks)
*[[あつまれ☆みんなのおもしろアイコン]] (有志)

== その他 ==

*[[HSPキーワード検索]] (SSSE) 2019/08/29
*[[最新版を確認]] (diaphragm)
*[[SAPI 使って単語読み上げ]] (miso)
*[[フォルダ選択ダイアログ]] (手石)
*[[HTA(HTML)の自作ダイアログを表示]] (noonworks)
*[[JavaScript を実行]] (n)
*[[Ruby を実行]] (n)
*[[ポップアップメニューを手軽に扱う]] (komorebikoboshi)
*[[マクロ・関数をメニューで呼び出す]] (aliquis) 2013/08/19
*[[階層化マクロメニュー]] (ks)
*[[シェルコマンドを実行]] (sasaki)
*[[ポップアップメニューでチェックボックス]] (手石)
*[[ポップアップメニューでラジオボタン]] (手石)
*[[Editor.OpenFile()のポリフィル]](kazy)
*[[折り返しトグル切り替え]] (Bleat) update 2021/02/13
*[[ファイルロック (排他制御) 的なもの]] (PebblePot)
*[[Beep音の例]] (star0worshipper)

----
*[[キーアサイン集]] (ks, masme, 有志) last update 2020/05/22
*[[includeライブラリ]] (ks)
*[[GetKeyState.exe(キー状態取得実行ファイル)]] (pizz) 2019/03/23
*[[マクロ覚え書き（開発者向け）]](ks, 有志) Last Update 2019/09/08